在農(nóng)業(yè)的部獲得登記的生物有機肥生產(chǎn)企業(yè)，基本上以從事微生物肥料生產(chǎn)為主，在發(fā)酵生產(chǎn)工藝上，多采用槽式堆置發(fā)酵法，還有其他的發(fā)酵方法，如：平地堆置發(fā)酵法、發(fā)酵槽發(fā)酵法、密封倉式發(fā)酵法等在生產(chǎn)中也得到了應用。在發(fā)酵腐熟過程中物料的水分、碳氮比、溫度等的調(diào)節(jié)及腐熟劑的使用是生產(chǎn)工藝的關(guān)鍵，特別是菌劑的應用直接影響著物料發(fā)酵的周期及腐熟程度。經(jīng)過腐熟的物料基本實現(xiàn)了產(chǎn)品的無害化，從而也有利于后處理過程中所加入功能菌的存活。

國內(nèi)外大量研究表明， 施用生物有機肥可以有效防治土傳病害。利用對枯萎病有拮抗作用的多黏類芽孢菌制成的生物有機肥， 其田間防治效果達到73％。由枯草芽孢菌Ⅱ-36 和Ⅰ-23 分別制成的茄子專用生物肥BIO-36 和BIO-23， 經(jīng)盆栽試驗驗證，這兩種肥料均能有效抑制茄子青枯病， 防病率分別為96％和91％。目前，生物有機肥在防治蔬菜、水果、煙草等作物土傳病害方面效果十分顯著， 是防治土傳病害的一條重要且有效的生態(tài)調(diào)控防病途徑。

有機肥為農(nóng)作物提供營養(yǎng)物質(zhì)，可以改善泥土的構(gòu)造及提供足夠水費，氧氣和營養(yǎng)，而營養(yǎng)土又稱腐殖土，是由有機固體物質(zhì)，經(jīng)常微生物發(fā)酵腐熟而成的，質(zhì)輕疏松，透水性能好、多孔隙、富含有機質(zhì)，調(diào)理土壤中的水分，氧氣，溫度，營養(yǎng)。到達養(yǎng)土養(yǎng)根的效果。同時還能夠改進土壤機構(gòu)有機肥和營養(yǎng)土還可配合運用，將營養(yǎng)土作為基底，混合有機肥運用效果更佳。