在發(fā)酵物料的后處理方面，大多數(shù)企業(yè)加入功能菌進行復(fù)配、定形，產(chǎn)品劑型以粉塵為主，但也有采用滾筒造粒或擠壓造粒的。顆粒產(chǎn)品克服了粉的劑產(chǎn)品外觀差、層次低的缺點，提高了產(chǎn)品的商品性，但同時也提高了企業(yè)的生產(chǎn)成本，并對有效菌的存活產(chǎn)生了一定影響。 由于生物有機肥相比普通有機肥生產(chǎn)成本較高，主要應(yīng)用在蔬菜、水果、中草藥等高附加值的經(jīng)濟作物上，并取得了較好的效果。

作物施用生物有機肥后， 其中的發(fā)酵菌和功能菌大量繁殖， 對改良土壤、促進作物生長、減輕作物病害具有顯著效果。主要原因在于：一、肥料中的有益微生物會在土壤中大量定殖形成優(yōu)勢種群， 抑制其他有害微生物的生長繁殖，甚至對部分病原微生物產(chǎn)生拮抗作用，以減少其侵染作物根際的機會。

二、功能菌發(fā)揮功效增進土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素來源；施用含解磷、解鉀微生物的肥料，其中的微生物可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，以便作物吸收利用。

三、肥料中的許多微生物菌在生長繁殖過程中會產(chǎn)生對作物有益的代謝產(chǎn)物，能夠刺激作物生長，增強作物的抗病抗逆能力。

     一、生物有機肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會造成土壤板結(jié)。

     二、生物有機肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。

     三、生物有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發(fā)生病蟲害。