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發(fā)布時(shí)間:2021-08-27 14:15  
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單核苷酸多態(tài)性( SNP )實(shí)驗(yàn)
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即單核苷酸多態(tài)性 ,是由于單個(gè)核苷酸改變而導(dǎo)致的核酸序列多態(tài)性(Polymorphism)。平臺(tái)成熟可靠:采用Agilent原位噴墨合成技術(shù),了高檢測(cè)靈敏度和特異性。據(jù)估計(jì),在人類基因組中,大約每千個(gè)堿基中有一個(gè)SNP ,無論是比較于度多態(tài)性(RFLP)分析還是微標(biāo)記(STR) ,都要廣泛得多。
實(shí)驗(yàn)方法原理:
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即單核苷酸多態(tài)性,是由于單個(gè)核苷酸改變而導(dǎo)致的核酸序列多態(tài)性(Polymorphism)。據(jù)估計(jì),在人類基因組中,大約每千個(gè)堿基中有一個(gè)SNP ,無論是比較于限制性段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)分析還是微標(biāo)記(STR) ,都要廣泛得多。SNP是我們考察遺傳變異的單位,據(jù)估計(jì),人類的所有群體中大約存在一千萬個(gè)SNP位點(diǎn)。-般:在93°C預(yù)變性3-5min,進(jìn)入循環(huán)擴(kuò)增階段:93°C40s→58°C30s→72°C60s,循環(huán)30-35次,后在72°C保溫7min。-般認(rèn)為,相鄰的SNPs傾向于一起遺傳給后代。 于是,我們把位于染色體上某一區(qū)域的一組相關(guān)聯(lián)的SNP等位位點(diǎn)稱作單體型( haplotype b大多數(shù)染色體區(qū)域只有少數(shù)幾個(gè)常見的單體型(每個(gè)具有至少5%的頻率),它們代表了一個(gè)群體中人與人之間的大部分多態(tài)性。-個(gè)染色體區(qū)域可以有很多SNP位點(diǎn),但是我們一-旦掌握了這個(gè)區(qū)域的單體型,就可以只使用少數(shù)幾個(gè)標(biāo)簽SNPs(tagSNP)來進(jìn)行基因分型,獲取大部分的遺傳多態(tài)模式。
STR檢測(cè)
短串聯(lián)重復(fù)(Short tandem repeats, STR),又稱微wei星DNA(Microsatellite DNA)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR),是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復(fù)序列。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及基因結(jié)構(gòu)等研究的基礎(chǔ),通過新一代高通量測(cè)序,能夠快速的獲得某一物種特定組織或在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息,已廣泛應(yīng)用于臨床診斷、基礎(chǔ)研究和研發(fā)等領(lǐng)域。有絲分裂過程中DNA鏈之間的錯(cuò)配引起的fu制滑動(dòng)被認(rèn)為是導(dǎo)致STR產(chǎn)生的較為常見原因,并且依據(jù)不同fu制單元大小的不同以及不同物種之間,fu制滑動(dòng)發(fā)生的概率也不相同。
STR是以核心序列 (core repeat units) 首尾相連多次重復(fù)形成。每個(gè)STR的核心序列結(jié)構(gòu)相同,長(zhǎng)度為2-6bp,但其重復(fù)單位數(shù)目和重復(fù)區(qū)域的長(zhǎng)度不同,因此STR在不同種族、不同人群之間的分布具有差異性,構(gòu)成了STR遺傳多態(tài)性。RNAi提供了一種經(jīng)濟(jì)、快捷、gao效的抑制特異基因表達(dá)的技術(shù)手段,該技術(shù)已被廣泛用于研究基因功能和chuan染性疾病及惡xingzhong瘤基因zhi療領(lǐng)域。不同個(gè)體之間在一個(gè)同源STR位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù)也不同,因而同指紋識(shí)別一樣,STR位點(diǎn)分析也可對(duì)個(gè)體進(jìn)行身份識(shí)別。通過識(shí)別個(gè)體基因組在特定位點(diǎn)的特定序列重復(fù),即可創(chuàng)建其基因檔案?;诖?,STR分析法已經(jīng)成為一種重要的鑒定分析方法,應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)、qin子鑒定及細(xì)胞鑒定等領(lǐng)域。
二、使用說明
1、裝載探針
對(duì)于刺激時(shí)間較短(通常為2小時(shí)以內(nèi))的細(xì)胞,先裝載探針,后用活性氧陽(yáng)性對(duì)照及自己感興趣的刺激細(xì)胞。對(duì)于細(xì)胞刺激
時(shí)間較長(zhǎng)(通常為6小時(shí)以上)的細(xì)胞,先用活性氧陽(yáng)性對(duì)照及自己感興趣的刺激細(xì)胞,后裝載探針。
原位裝載探針:本方法僅適用于貼壁培養(yǎng)細(xì)胞。按照1:1000用無培養(yǎng)液稀釋DCFH-DA,使終濃度為10微摩爾/升。去除細(xì)胞培養(yǎng)液,加入適當(dāng)體積稀釋好的DCFH-DA。染色質(zhì)免l疫沉淀分析(ChIP)的基本原理是在活l細(xì)胞狀態(tài)下,當(dāng)用甲醛處理時(shí),相互靠近的蛋白與蛋白、蛋白與核酸(DNA或RNA)之間會(huì)產(chǎn)生共價(jià)鍵。加入的體積以能充分蓋住細(xì)胞為宜,通常對(duì)于六孔板的一個(gè)孔加入稀釋好的DCFH-DA的體積為1毫升。37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱內(nèi)孵育20分鐘。用無細(xì)胞培養(yǎng)液洗滌細(xì)胞三次,以充分去除未進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)的DCFH-DA。