有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的委托代理合同，對雙方的權利、義務缺少明確的規(guī)定，在實際工作中遇到異議時，往往無法分清責任。因此在選擇代賬公司的時候，企業(yè)就要更加謹慎。

個別 “代理記賬公司”沒有代理記賬資質（市批準的代理記賬許可證、會計上崗證等），發(fā)生問題可以回避責任，損害委托單位的利益。這也是小企業(yè)在選擇代賬服務公司時必須要注意的事項。

財務軟件需要備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用批準的財務軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現(xiàn)遺失或毀損時無法查找。

代理記賬單位通常是定期或定時，日常業(yè)務可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業(yè)務。

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1.記賬法律關系中，受托人的法律地位問題，應該說一直沒有得到的解決，實踐中爭議很大。

2.代理記賬機構潛力未充分發(fā)揮。代理記賬機構的數(shù)量在不斷增加，但整體規(guī)模普遍較小，代理業(yè)務范圍不寬。真正能提供受托單位會計核算、稅收籌劃、納稅申報、內部審計、工商稅務注冊年檢、財稅咨詢等會計服務的機構很少。

3.代理記賬機構設立不規(guī)范。代理記賬機構必須有3名以上持有會計從業(yè)資格證書的專職從業(yè)人員，且主管代理記賬業(yè)務的負責人必須具有會計師以上技術職稱資格。但實際執(zhí)行中，相當部分的代理記賬機構不符合此規(guī)定。

會計報表和納稅申報單的準確性不同。一般來說，納稅人和企業(yè)自己進行會計核算和納稅申報。由于會計人員個人精力有限，很難對會計賬目上的各種數(shù)據(jù)一一核對和比較。即使他們有時間檢查賬目，也很難發(fā)現(xiàn)自己財務工作中的錯誤，這很容易導致企業(yè)財務和稅務數(shù)據(jù)的錯誤。如果企業(yè)選擇一個機構委托會計和納稅申報表，因為該機構的金融服務團隊，可以進行多個審查企業(yè)的財務報表，從而確保會計處理的正確性和合法性的稅收計算的企業(yè)。同時，它可以正確評估隱藏企業(yè)會計中存在的問題，從而幫助企業(yè)準確完整會計和納稅申報單。