原位雜交是指；分子雜交的一種形式。由未經(jīng)抽提分離的染色體DNA，在原來位置上被變性成單鏈后，與探針進行分子雜交。1977年由本頓(W.D.Benton)和戴維斯(R.W.Davis)在原分子雜交基礎上發(fā)展的一種較新的分子雜交技術。方法是將菌落或噬菌斑轉移到硝9酸纖維素濾膜上，使在原位發(fā)生溶菌后變性的DNA，同濾膜原位結合，再與有放5射性同位素標記的特定核苷酸“探針”雜交，其結果可用放5射自顯影來顯示，出現(xiàn)銀粒的地方便是待測染色體DNA上與探針互補順序所在的位置。對快速檢測轉化群落中的DNA序列或任何一種插入的DNA序列，以及動植物的基因定位工作，都具有廣泛應用價值。(見“分子雜交”、“放5射自顯影”、“影印培養(yǎng)技術”)

多種探針標記檢測系統(tǒng)

基于地高3辛、生物素和熒光標記分子的標記和檢測系統(tǒng)是常見的原位雜交檢測方法。

熒光標記檢測常為直接探針標記方法，如在dUTP/UTP/ddUTP上連接Fluorescein后進行核酸標記。由于標記在核酸上的熒光分子必須經(jīng)受雜交和洗脫過程中的考驗，以及熒光分子易于衰減，其檢測靈敏度受到一定的影響。但對熒光分子的直接檢測呈現(xiàn)的背景較低。

使用分支DNA信號擴增的RNA FISH

Invitrogen? ViewRNA?和PrimeFlow?檢測是使用分支DNA信號擴增 (bDNA) 來檢測特異性信號的直接熒光RNA ISH方法。 使用獨立但兼容的信號擴增系統(tǒng)讓RNA靶標的多重復用成為可能。 熒光RNA原位雜交檢測分為四個主要步驟：樣本制備、靶標雜交、信號擴增以及檢測。 該方法可實現(xiàn)更高的特異性，更低的背景值和更高的信噪比。