動(dòng)物組織細(xì)胞基因組DNA提取

操作步驟

1. 取新鮮或冰凍動(dòng)物組織塊0.1g（0.5cm3），盡量剪碎。置于玻璃勻漿器中，加入1ml的細(xì)胞裂解緩沖液勻漿至不見組織塊，轉(zhuǎn)入1.5ml 離心管中，加入蛋白酶K

（500ug/ml）20μl，混勻。在65℃恒溫水浴鍋中水浴30min，也可轉(zhuǎn)入37℃水浴12～24h，間歇振蕩離心管數(shù)次。于臺(tái)式離心機(jī)以12000 rpm離心5min，取上清液入另

一離心管中。

2.加2倍體積異，倒轉(zhuǎn)混勻后，可以看見絲狀物，用100ul 吸頭挑出，涼干，用200ul TE 重新溶解。（可進(jìn)行PCR反應(yīng)等，需要進(jìn)一步純化的按下列步驟進(jìn)行）

3.加等量的酚??振蕩混勻，離心12000 rpm，5min。

4.取上層溶液至另一管，加入等體積的?，振蕩混勻，離心12000 rpm，5min。

5. 取上層溶液至另一管，加入1/2體積的7.5mol/L氨加入2倍體積的無水乙醇，混勻后室溫沉淀2min ，離心12000 rpm ,10min。

6.小心倒掉上清液，將離心管倒置于吸水紙上，將附于管壁的殘余液滴除掉。

7.用1ml 70%乙醇洗滌沉淀物1次，離心12000 rpm ， 5min。

8.小心倒掉上清液，將離心管倒置于吸水紙上，將附于管壁的殘余液滴除掉，室溫干燥。

9.加200ul TE重新溶解沉淀物，然后置于4℃或?C20℃保存?zhèn)溆谩?

10.吸取適量樣品于GeneQuant上檢測(cè)濃度和純度。

  全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序    

全轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的總和，包括mRNA和各種noncoding RNA。我們知道生物體本身的轉(zhuǎn)錄過程是一個(gè)動(dòng)態(tài)變化且十分復(fù)雜的分子作用網(wǎng)絡(luò)，如果只是對(duì)某個(gè)單一RNA分子的研究，有時(shí)并不能準(zhǔn)確的發(fā)現(xiàn)分子作用機(jī)制。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行cDNA測(cè)序，快速地獲取某一物種特定qi官或組織在某一狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄本。而競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(ceRNA)理論闡述了一種全新的轉(zhuǎn)錄調(diào)控模式：ceRNA（包括lncRNA、circRNA、mRNA、假基因等）分子能夠通過miRNA應(yīng)答元件（microRNA Respe Element, MRE）競(jìng)爭(zhēng)性地結(jié)合相同的miRNA來調(diào)節(jié)彼此的表達(dá)水平。舉個(gè)例子：miRNA會(huì)導(dǎo)致基因沉默現(xiàn)象發(fā)生，而如果lncRNA競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合了miRNA，從而影響了miRNA基因沉默功能實(shí)現(xiàn)。

      ceRNA是目前轉(zhuǎn)錄調(diào)控領(lǐng)域的熱點(diǎn)內(nèi)容之一，通過全轉(zhuǎn)錄組研究能夠系統(tǒng)性的闡述ceRNA的分子作用機(jī)制。目前對(duì)全轉(zhuǎn)錄組簡(jiǎn)便的方法就是構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù)分別進(jìn)行測(cè)序。如測(cè)序序列已知，可通過序列比較以星號(hào)標(biāo)出差異堿基處，提高工作效率。標(biāo)準(zhǔn)的生物信息學(xué)分析能夠得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究?jī)?nèi)容，靶向調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、ceRNA網(wǎng)絡(luò)、共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析可以將這幾種RNA聯(lián)合起來分析，從而發(fā)現(xiàn)新的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型。去除rRNA的鏈特異性文庫(kù)，含有的RNA信息含量十分豐富，通過測(cè)序和生物信息學(xué)分析能夠得到mRNA、lncRNA、circRNA的鑒定及注釋信息。不過該文庫(kù)構(gòu)建時(shí)會(huì)進(jìn)行片段化選擇從而濾掉了small RNA的信息，所以需要另外再構(gòu)建一個(gè)small RNA文庫(kù)，進(jìn)行測(cè)序分析后可以得到miRNA和其他small RNA的鑒定及注釋信息。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方案路線圖如下所示：

蛋白質(zhì)定量組學(xué)服務(wù)

細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)組豐度的動(dòng)態(tài)變化對(duì)不同生命過程有重要影響。若miRNA與mRNA的結(jié)合位點(diǎn)不配對(duì)，則抑制mRNA的翻譯。例如在許多疾病的發(fā)生和發(fā)展進(jìn)程中，常常伴隨著某些蛋白質(zhì)的表達(dá)異常。目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要分為標(biāo)記(label)策略和非標(biāo)記的(label free)定量策略，其中標(biāo)記策略又分為體內(nèi)標(biāo)記(如 SILAC、15N 標(biāo)記)，以及體外標(biāo)記(如 iTRAQ、TMT 標(biāo)記) 。

傳統(tǒng)的基于2D雙向凝膠電泳分離的蛋白質(zhì)組通常可以鑒定出約1000種蛋白，對(duì)全蛋白質(zhì)組的覆蓋僅在5~10%左右，不能滿足高通量定量蛋白質(zhì)表達(dá)譜分析的要求。高l效毛細(xì)管電泳法(High-performanceCapillaryElectrophoresis,HPCE)這是一-種利用窄孔熔融石英毛細(xì)管來從復(fù)合物中分離不同化學(xué)組分的技術(shù)。我們結(jié)合樣品制備與高分辨率、高靈敏度的液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)，可在細(xì)胞與組織類樣品中鑒定直至多于10000個(gè)蛋白，對(duì)全蛋白質(zhì)組的覆蓋>60%。結(jié)合生物信息學(xué)分析，為您構(gòu)建高通量蛋白質(zhì)定量表達(dá)譜。