堆肥都是通過(guò)有機(jī)肥發(fā)酵設(shè)備進(jìn)行發(fā)酵的，堆肥一般分為好氧堆肥和厭氧堆肥兩種。好氧堆肥是在有氧情況下的有機(jī)物料分解過(guò)程，其代謝產(chǎn)物主要是二氧化碳、水和熱；厭氧堆肥是在無(wú)氧條件下有機(jī)物料的分解過(guò)程，厭氧分解的代謝產(chǎn)物是、二氧化碳和許多低分子量的中間產(chǎn)物，如有機(jī)酸等。參與堆肥過(guò)程的主要微生物種類是細(xì)菌、真菌以及。這3種微生物都有中溫菌和高溫菌。

降溫階段

      當(dāng)高溫階段持續(xù)一定時(shí)間后，纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)大部分已被分解，剩下很難分解的復(fù)雜成分（如木質(zhì)素）和新形成的腐殖質(zhì)，微生物的活動(dòng)減弱，溫度逐漸下降。當(dāng)溫度下降到40℃以下時(shí)，中溫性微生物又成為優(yōu)勢(shì)種類。如果降溫階段來(lái)的早，表明堆制條件不夠理想，植物性物質(zhì)分解不充分。這時(shí)可以翻堆，將堆積材料拌勻，使之產(chǎn)生第二次發(fā)熱、升溫，以促進(jìn)堆肥的腐熟。

腐熟保肥階段

      堆肥腐熟后，體積縮小，堆溫下降至稍高于氣溫，這時(shí)應(yīng)將堆肥壓緊，造成厭氣狀態(tài)，使有機(jī)質(zhì)礦化作用減弱，以利于保肥。

      簡(jiǎn)而言之，有機(jī)堆肥的發(fā)酵過(guò)程實(shí)際上就是各種微生物新陳代謝、繁殖的過(guò)程。微生物的新陳代謝過(guò)程即有機(jī)物分解的過(guò)程。有機(jī)物分解必然會(huì)產(chǎn)生能量，這些能量推動(dòng)了堆肥化進(jìn)程，使溫度升高，同時(shí)還可干燥濕基質(zhì)。