審計查證與調查分析相結合

審計詳查與抽查相結合。具體審計時，一般先運用抽查法確定存在的重點問題，接著對所確定的重點問題的資料進行詳細審查。對次要問題或內部控制制度比較健全的事項，可采用抽查或免查的方法，必要時也可根據審計目的以及所掌握的線索，靈活運用各種審計方法，如審閱法、核對法。

審計查證與調查分析相結合。為了客觀公正地評價被審計對象應負的經濟責任，應采取以會計資料為主、查證與調查分析相結合的方法，通過個別談話、召開不同形式的座談會、查閱有關管理制度以及會議紀要等進行調查核實，這樣既能掌握重點、有的放矢地進行審計查證，又能為摸清賬外經濟問題提供線索和依據。

高新技術產品(服務)收入的波動情況

審計需要關注的地方：高度關注單位時間段高新技術產品(服務)收入的波動情況，分析其變動趨勢是否正常，是否涉及重大的關聯(lián)方交易，是否符合申報企業(yè)的經營規(guī)律(如季節(jié)性、周期性等)，查明異?，F象和重大波動的原因；高度關注技術性收入中當期開始提供勞務、跨期完工的技術承包、技術服務、接受委托科研等合同，檢查其是否采用完工百分比法確認收入，包括檢查相關合同或協(xié)議、完工進度確認文件以及收款記錄，關注完工進度的確認方法是否合理；

研發(fā)費用未按項目進行明細核算

研發(fā)費用未按項目進行明細核算。一些企業(yè)沒有建立與研究開發(fā)相關的內部控制制度，在研發(fā)費用的日常會計核算上，不少企業(yè)通常只設置研發(fā)費用總賬，并未按研發(fā)項目設立明細賬進行明細核算。但在出具認定專項審計報告時，需要提供每一個研究開發(fā)項目的具體研究開發(fā)費用金額。因此，在核定研發(fā)費用時，就需要對認定企業(yè)的研發(fā)費用重新按照項目進行分類核算，逐項加以認定，給審計人員增加了不少工作量。同時，也對其專業(yè)勝任能力提出了很高的要求。尤其在企業(yè)高新技術項目較多的情況下，分項核算認定就顯得更為繁瑣。

研發(fā)費用分配標準有時難以合理確定

研發(fā)費用分配標準有時難以合理確定。在《高新技術企業(yè)認定工作指引》中，并沒有給出研發(fā)費用在各項目間分配的具體標準。不少企業(yè)和事務所反映，研發(fā)費用分配標準的合理確定有時比較困難。主要體現在：①企業(yè)多個研發(fā)項目共用一些研發(fā)設備與儀器，折舊費用在各項目間的分攤依據不好確定。②企業(yè)存在多個研發(fā)項目，但沒有研發(fā)人員明確的項目分工，也沒有其詳細的考勤記錄，研發(fā)人員的人工支出在各項目間的分攤標準很難確定。③研發(fā)費用往往按人為估計的比例分攤，科學與否往往很難確定。由于研發(fā)費用在各項目間的分配存在較大的難度，不少認定企業(yè)在研發(fā)費用分配標準的具體確定上過于隨意。