就是具有自動清洗程序的全自動生化分析儀也有交叉污染，例如Beckman 全自動生化分析儀CX4，它的試劑針(probe)、樣品吸樣針及反應(yīng)攪拌棒是利用高壓沖洗洗液沖洗，然后用高壓壓縮空氣吹干，有時由于洗液壓力和壓縮空氣壓力偏低，使試劑吸針、樣品針及反應(yīng)攪拌棒沖洗不干凈、吹不干，從而導(dǎo)致反應(yīng)池之間相互污染、試劑間交叉污染，是檢驗(yàn)結(jié)果偏離。另一個值得注意的問題是許多生化儀器由于長期頻繁的利用，使加樣針和試劑針的磨損加重或的“特氟龍”吸頭不及時更換，使吸樣針或試劑針密封層增大，產(chǎn)生泄露現(xiàn)象也是造成樣本間及實(shí)際間項(xiàng)目污染的一個重要原因。

隨著全自動生化分析儀的普及，“開瓶穩(wěn)定性”也隨之受到了大家的重視，但是就目前有的試劑方法學(xué)來講，還達(dá)不到人們所要求的試劑開瓶后在儀器內(nèi)放很長時間不需要定標(biāo)，比如ALP、TP、GSP、等PH為堿性的試劑，開瓶后試劑會吸收空氣中的二氧化碳，使試劑本身的PH值下降，如果長時間開瓶不定標(biāo)或者校準(zhǔn)，會使檢測結(jié)果發(fā)生偏離，在國外有的項(xiàng)目有明文規(guī)定，必須72小時之內(nèi)定標(biāo)，比如BUN。但是在國內(nèi)的某些實(shí)驗(yàn)室為了方便，很長時間都不作校準(zhǔn)，導(dǎo)致測定結(jié)果的不準(zhǔn)確，解決辦法：a、了解試劑特性。及時對部份項(xiàng)目進(jìn)行校準(zhǔn)，對于每天標(biāo)本量不多的醫(yī)院，可按照1-2天的用量取用試劑放入儀器。

全自動生化分析儀屬于光學(xué)分析儀器，本質(zhì)就相當(dāng)于一個分光光度計，基于物質(zhì)對光的選擇性吸收，即分光光度法，基本測量原理還是依據(jù)比爾定律。單色器將光源發(fā)出的復(fù)色光分成單色光，特定波長的單色光通過盛有樣品溶液的比色池，光電轉(zhuǎn)換器將投射光轉(zhuǎn)換為電信號后送入信號處理系統(tǒng)進(jìn)行分析，計算機(jī)再根據(jù)用戶選擇的工作方式對測量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、運(yùn)算、分析、保存，打印機(jī)同時打印出相應(yīng)的結(jié)果。