微生物肥料（菌肥）的主要功效是促進(jìn)植物根系的發(fā)育。只要我們能知道植物根系的重要性，就能知道微生物有機(jī)肥內(nèi)含的多種功能性微生物進(jìn)入土壤后，在生長(zhǎng)繁殖過(guò)程中產(chǎn)生大量的次生代謝產(chǎn)物，這些產(chǎn)物能夠促進(jìn)土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成。任何一種元素的缺少都會(huì)影響到作物的正常生長(zhǎng)發(fā)育，例如，缺氮會(huì)導(dǎo)致植株矮小細(xì)弱，葉呈黃綠、黃橙等非正常綠色，嚴(yán)重缺氮時(shí)，作物顯著早衰并早熟，產(chǎn)量顯著下降，只有通過(guò)增施氮肥，才能減輕其危害。團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成能使土壤變得疏松、綿軟，保水保肥性能增強(qiáng)，水、氣、熱更加協(xié)調(diào)，減少土壤板結(jié)，有利于保水、保肥、通氣和促進(jìn)根系發(fā)展，為農(nóng)作物提供舒適的生長(zhǎng)環(huán)境

廄肥的作用：①提供植物養(yǎng)分。包括必需的大量元素氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫和微量元素鐵、錳、硼、鋅、鉬、銅等無(wú)機(jī)養(yǎng)分；氨基酸、酰胺、核酸等有機(jī)養(yǎng)分和活性物質(zhì)如維生素B1、B6等。保持養(yǎng)分的相對(duì)平衡。②提高土壤養(yǎng)分的有效性。廄肥中含大量微生物及各種酶（蛋白酶、脲酶、磷酸化酶），促使有機(jī)態(tài)氮、磷變?yōu)闊o(wú)機(jī)態(tài)，供作物吸收。并能使土壤中鈣、鎂、鐵、鋁等形成穩(wěn)定絡(luò)合物，減少對(duì)磷的固定，提高有效磷含量。③改良土壤結(jié)構(gòu)。腐殖質(zhì)膠體促進(jìn)土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)形成，降低容重，提高土壤的通透性，協(xié)調(diào)水、氣矛盾。還能提高土壤的緩沖性和改良礦毒田。（2）增加作物產(chǎn)量和提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，氨基酸等物質(zhì)，不氮、磷、鉀等養(yǎng)分外，還含有多種糖類，氨基酸等物質(zhì)，不僅可為作物提供營(yíng)養(yǎng)，而且可以促進(jìn)土壤微生物的活動(dòng)。④培肥地力，提高土壤的保肥、保水力。廄肥腐熟后主要作基肥用。新鮮廄肥的養(yǎng)分多為有機(jī)態(tài)，碳氮比（C/N）值大，不宜直接施用，尤其不能直接施入水稻田。

肥料處理編輯有機(jī)肥料無(wú)害化處理的堆、漚方法也很多，但是上海有機(jī)蔬菜肥料是采用EM堆腐法、自制發(fā)酵催熟堆腐法和工廠化無(wú)害化處理等。EM堆腐法EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合細(xì)菌、酵母菌和乳酸菌等組成，在農(nóng)業(yè)和環(huán)保上有廣泛的用途。它具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環(huán)境和促進(jìn)植物生長(zhǎng)等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無(wú)害化作用。3、精制有機(jī)肥肥效長(zhǎng)，施一季管一年，能促進(jìn)土壤供肥持久，使作物后期不早衰。其具體方法如下：（1）購(gòu)買EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成備用液。

其他肥料此外還有泥肥、熏土、坑土、糟渣和餅肥等。土肥類應(yīng)經(jīng)存放和晾干、糟渣和餅肥經(jīng)腐熟后用作基肥。