認定機構收到的評價意見和中介機構的專項審計報告后，對申請企業(yè)提出認定意見，并確定高新技術企業(yè)認定名單。企業(yè)申請認定時須注冊成立一年以上（“須注冊成立一年以上”是指企業(yè)須注冊成立365個日歷天數以上，而非一個會計年度）。研發(fā)組織管理水平證明材料，主要包括研發(fā)項目立項管理、研發(fā)投入核算體系、研發(fā)機構建設及設備設施、開展產學研合作活動、研發(fā)人員考核制度等方面；技術創(chuàng)新活動的其他證明材料。

日常要做好研發(fā)項目檔案管理，包括研發(fā)項目立項報告、中期檢查報告紀要、結題報告、測試報告等。高企認定申報時候上傳相關文檔作為附件證明項目真實性、先進性和管理規(guī)范性的證明。企業(yè)從事研發(fā)和相關技術創(chuàng)新活動的科技人員占企業(yè)當年職工總數的比例不低于10%，其中大專以上學歷的科技人員占全部科技人員人數的30%以上。如果企業(yè)在同一年度通過培育入庫和出庫的，還可同時享受入庫獎補和出庫獎補。

企業(yè)除了在網上進行填報資料外還需要到窗口提交紙質材料，這樣高新企業(yè)申報了復審的程序才可以進行。創(chuàng)新是企業(yè)發(fā)展的根本動力，高新技術企業(yè)認定政策是一項引導政策，目的是引導企業(yè)調整產業(yè)結構，走自主創(chuàng)新、持續(xù)創(chuàng)新的發(fā)展道路，激發(fā)企業(yè)自主創(chuàng)新的熱情，提高科技創(chuàng)新能力。企業(yè)通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產品（服務）在技術上發(fā)揮核心支持作用的知識產權的所有權。

高新技術企業(yè)認定所指的知識產權須在中國境內授權或審批審定，并在中國法律的有效保護期內。知識產權權屬人應為申請企業(yè)。證明企業(yè)在本領域中具有較強的技術創(chuàng)新能力、技術開發(fā)能力，有利于企業(yè)開拓國內外市場。在提交《高新認定申請書》前企業(yè)必須認真核查5份審計報告數據和申報系統中提交的數據的一致性，如果對不上要及時處理更正不然會不予通過。